มหาเจดีย์พุทธคยา อันเป็นอนุสรณ์สถานระลึกถึงการตรัสรู้ของพระพุทธองค์นั้น มีการสร้างพระมหาเจดีย์มาตั้งแต่สมัย พระเจ้าอโศกมหาราช และสร้างเติมต่อๆมา โดยกษัตริย์ชาวพุทธในอินเดีย พระองค์ต่อๆมา จนกระทั่ง เมื่อกองทัพมุสลิม ได้บุกเข้ามาโจมตีอินเดีย พุทธคยาก็ถูกปล่อยให้รกร้างไม่มีผู้คอยเฝ้าดูแล

ราวปี พ.ศ. 2133 นักบวชฮินดูรูปหนึ่ง ชื่อ โคเสนฆมัณฑิคีร์ ได้เดินทางมาถึง ที่พุทธคยา และเกิดชอบใจในทำเลนี้ จึงได้ตั้งสำนักเล็กๆใกล้ๆกับ พระมหาเจดีย์พุทธคยา และพออยู่ไปนานๆ ก็คล้ายๆกับเป็นเจ้าของที่ไปโดยปริยาย และพวกมหันต์นี้ ก็คือนักธุรกิจการค้าที่มาในรูปนักบวชฮินดูนั่นเอง กล่าวกันว่า เป็นพวกที่ติดอันดับ มหาเศรษฐี 1 ใน 5 ของรัฐพิหาร ผู้นำของมหันต์ปัจจุบัน ก็มีการสืบทอดมาตั้งแต่ โคเสณฆมัณฑิคีร์ ตอนนี้เป็นองค์ที่ 15 การที่พวกมหันต์ มาครอบครองพุทธคยานั้น ก็ไม่ได้ดูแลพุทธคยาแต่อย่างไรทั้งสิ้น เพียงใช้พื้นที่ เพื่อหาประโยชน์เท่านั้นเอง

ปี พ.ศ. 2417 พระเจ้ามินดงมิน แห่งพม่า ได้ส่งคณะทูตมายังอินเดีย เพื่อขอบูรณะ ปฏิสังขรณ์พระวิหารและจัดการบางประการเพื่อดูแลรักษาพุทธสถานแห่งนี้ เมื่อได้รับ ความยินยอมจากพวกมหันต์และรัฐบาลอินเดีย จึงได้เริ่มทำการบูรณะ ทางรัฐบาลอินเดีย ได้ส่ง เซอร์ อเล็กซานเดอร์ คันนิ่งแฮม กับ ดร. ราเชนทรลาล มิตระ เข้าเป็นผู้ดูแลกำกับการบูรณะ หลังจากนั้นคณะผู้แทนจากพม่าจำเป็นต้องเดินทางกลับ ทางรัฐบาลอินเดียจึงรับงานบูรณะ ทั้งหมดมาทำแทน และเสร็จสมบูรณ์ ในปี พ.ศ. 2427 จนเป็นดังที่เห็นในปัจจุบัน